海关的检验检疫工作可分为进出口商品检验、进出口食品安全、进出境动植物检疫、国境卫生检疫这四个基本职能。这四个职能存在一定关联或交叉，但也有各自相对独立的制度体系。

进出口商品检验（也可称为“进出口商品安全”），是指对列入“法检商品”目录的进出口商品是否符合国家技术规范的强制性要求的评定活动。《中华人民共和国进出口商品检验法》及其实施条例，还有海关总署、原质检总局制定的一系列规章、规范性文件，例如:

“保护人类健康和安全、保护动物或者植物的生命和健康、保护环境、防止欺诈行为、维护国家安全”是进出口商品检验工作的基本原则。为此，海关负责制定、公布必须实施检验的进出口商品目录，并定期修订调整。这些“必须实施检验的进出口商品”，业内通常也称为“法检商品”。随着监管理念的转变，监管重心从进出口并重逐渐转为以关注进口为主，同时更加强化对进出口战略资源性商品、危险品、消费品、汽车等重点商品的检验监管。

对进出口食品实施检验检疫及监督管理是海关的重要职能。在这方面的主要法律依据包括：

还有海关总署、原质检总局制定的一系列规章、规范性文件，例如：

根据前述规定，境外国家（地区）在首次向中国出口有关食品前要经过食品安全管理体系评估和审查，境外生产企业必须通过海关总署的注册，进出口商也要在海关进行专门的备案；境内企业向境外出口食品，则需经过出口食品原料种植养殖场备案、出口食品生产企业备案、接受海关核查等程序。

为防止动物传染病、寄生虫病和植物危险性病、虫、杂草以及其他有害生物（以下简称“病虫害”）传入、传出国境，海关对进出境的动植物及其产品和它们的装载容器、包装物，以及对来自动植物疫区的运输工具实施检疫。这方面的主要法律依据包括：《中华人民共和国进出境动植物检疫法》及其实施条例；海关总署、原质检总局制定的一系列规章、规范性文件，例如：

进出境动植物检疫的工作与进出口食品安全的关系较为紧密，所以上述一些规定也是进出口食品安全工作的执法依据；但并不是所有进出境的动植物及其产品都是以食用为用途（例如用于养殖、观赏、研究等），而且一些以动植物之外名义申报的货物也可能会带有生物安全的风险。

海关负责实施国境卫生检疫职能，防止传染病由国外传入或者由国内传出。此职能在新冠疫情期间显得尤为重要。海关此只能的主要法律依据包括：《中华人民共和国国境卫生检疫法》及其实施细则，以及海关总署、原质检总局制定的一系列规章、规范性文件，例如：

根据以上规定，入境、出境的人员、交通工具、运输设备以及可能传播检疫传染病的行李、货物、邮包等物品，都应当接受检疫，经海关许可方准入境或者出境。

除了上述内容执法依据外，还有一些同时与上述各种检疫检疫职能都密切相关的执法依据，例如：

经过近4年时间的磨合，海关的执法资源得到了较充分的整合调配。另外，恰逢近两年新冠疫情防控工作对与防疫有关物资的监管提出了新要求，海关的出入境检验检疫工作出现了许多值得关注的亮点和趋势。

在实现关检融合之前，企业进出口法检商品时需要先向出入境检验检疫局报检，随后申领《入/出境货物通关单》（简称《通关单》），再向海关报关。而在关检融合后，海关对于检验检疫和通关实行了“一次申报、一次查验、一次放行”的措施，全面取消了纸质《通关单》，企业只需在报关的同时申报报检内容即可，大幅提升了企业的通关效率。

关检融合后，《海关行政处罚实施条例》和《海关办理行政处罚案件程序规定》等规定可以适用于涉检验检疫案件，相较以前明显加大了执法机关惩处检验检疫违法行为的力度。另外值得注意的是，对于传统主要聚焦于关税征管的海关稽查工作，其主要执法依据——《海关稽查条例》及其实施办法——也适用于对企业出入境检验检疫行为的合法性稽查。这也意味着企业在货物放行之日起3年内需要接受海关对其检验检疫行为合法性的稽查，企业保管的单证、资料也要包括反映检验检疫方面的内容，以备海关核查。据了解，目前已有海关通过稽查手段查发检验检疫违法情况，并移送缉私部门以“逃避商检罪”立案侦查。

随着关检融合，以往属于地方公安部门管辖的部分罪名转由海关缉私部门管辖；这些罪名包括逃避商检罪、妨害国境卫生检疫罪、妨害动植物检疫罪等。在过去，由于相关领域的行政管理由出入境检验检疫局负责，尽管行政执法与刑事司法衔接早已存在，但由于跨部门沟通的程序相对繁琐，客观而言，单位、个人因前述罪名被追究刑事责任在实践中是较少的。以逃避商检罪为例，经检索案例，从2013年至2021年，仅有9宗生效判决；而其中，2018年关检融合后的案件就占了6宗。可以预见的是，海关缉私部门在侦办相关案件时将具备更有力的抓手和更便捷的渠道，这些刑事案件被查办的次数将会明显增加。

另外，《刑法修正案（十一）》新增的两个罪名也由海关缉私部门管辖，即走私人类遗传资源材料罪和非法引进外来入侵物种罪。这两个罪名也是直接与出入境检验检疫工作相关的。